«جاء الخوارج إلى على بن أبى طالب، كرم الله وجهه، فقالوا له: اتق الله فإنك ميت، قال: لا.. والذى فلق الحبة وبرأ النسمة، ولكن مقتول من ضربةٍ على هذه (وأشار إلى جبهته) تخضب هذه (وأشار إلى لحيته) عهد معهود وقضى مقضى، وقد خاب من افترى»، هذا ما أورده أبو داود الطيالسى فى (مسنده)، وذكره ابن كثير فى «البداية والنهاية».
كان الإمام مستعدا لصلاة فجر يوم الجمعة 19 من رمضان فى سنة 40 هجرية، وكان ثلاثة من الخوارج قد اتفقوا معا على قتل كل من الإمام على ومعاوية بن أبى سفيان وعمرو بن العاص، وتكفل ابن ملجم بالإمام وتربص به حتى أصابه فى المسجد وهو داخل للصلاة إصابة قاتلة من سيف يقال بأنه مسموم، وظل الإمام يعانى من أثر الضربة ثم أسلم روحه الطاهرة إلى بارئها يوم الأحد فى 21 من الشهر الكريم.
كانت هذه الفترة ممتلئة بالتوتر والقلق فى المجتمع الإسلامى، فبعد مقتل الخليفة الثالث عثمان بن عفان، بدأت الفتنة الكبرى، فمعاوية بن أبى سفيان يحمل قميص الخليفة المقتول، ويطالب بالثأر (يا ثارات عثمان) وعلى بن أبى طالب يحاول الضبط والربط لكن الانشقاقات اتسعت والأيدى الخارجية تدخلت وأفسدت كل شىء، وحدثت واقعة التحكيم فزادت الأمر خبالا، وأصبح الناس يتحدثون عن معسكرين، العراق فى مواجهة الشام، وبينما الناس يلتفون حول معاوية كان على يعانى خذلان أتباعه له، ولعل من يراجع خطب الإمام فى تلك الفترة يلاحظ ما كان يعانيه الإمام، ويشعر بمدى الألم والشعور بالوحدة النفسية التى أحاطت بابن عم النبى وحبيبه.
تعددت أسباب مقتل الإمام، فرأى يذهب إلى أن الخوارج الثلاثة الذين اجتمعوا غاضبين مما حدث فى موقعة النهروان، قرروا أن يقتلوا ما زعموا بأنهم أئمة الضلال، وقد فشل مقتل «معاوية» وحدثت له إصابة فقط، بينما عمرو بن العاص أصابته علة ولم يذهب للصلاة يومها، وقتل من كان يصلى بالناس بدلا منه، واستطاع ابن ملجم أن يضرب على الذى فوجئ بالقاتل داخل المسجد وفى يده سيف مسموم، بينما يكمل البعض هذه القصة بظهور امرأة اسمها «قطام» أعجب بها «ابن ملجم» وكان أبوها قد قُتل فى «النهروان» وأنها اشترطت مهرا لها قتل الإمام على، حتى إن الشاعر يقول «فلم أر مهرا ساقه ذو سماحة كمهر قطام من فصيح وأعجمى/ ثلاثة آلاف وعبد وقينة وضرب (على) بالحسام المسمم/ ولا مهر أغلى من على وإن غلا ولا فتك إلا دون فتك ابن ملجم».
