قال أحمد حميدة مدير عام المتحف الآتونى إن العمل بمشروع بناء المتحف بدأ عام 2002 على ثلاث مراحل، حيث تضمنت المرحلة الأولى والثانية جميع الأعمال الإنشائية لمبنى المتحف وجميع الأبنية الملحقة به وقد تم الانتهاء منهما فى عام 2010، إلا أن قيام ثورة الخامس والعشرين من يناير أدت إلى توقف المشروع بسبب تراجع السياحة الوافدة لمصر، ما أثر بالسلب على ميزانية وزارة الآثار وعدم توافر الاعتمادات المالية اللازمة لإتمام المشروع، حيث إن الوزارة هى التى تقوم بتمويله.
وأضاف حميدة أن الأعمال استؤنفت فى أواخر عام 2015 حيث تم البدء فى المرحلة الثالثة من المشروع والتى تتضمن أعمال التشطيبات ودهانات الحوائط والأسقف ووضع نظام الإضاءة والتأمين بالمتحف.
وتجدر الإشارة إلى أن المتحف الآتونى يتخذ الشكل الهرمى وتبلغ مساحته 25 فدان بطول 600 متر على كورنيش النيل. و يتكون المتحف من 16 قاعة للعرض المتحفى بحيث تحكى القاعة الرئيسية تاريخ مدينة المنيا عبر العصور المختلفة أما باقى القاعات فتحتوى على قطع أثرية تسرد تاريخ و فن الفترة الأتونية بالإضافة إلى مسرح وسينما وقاعة مؤتمرات تسع حوالى 800 فرد ومكتبة أثرية ومنطقة بازارات بها 19 بازار، و 5 بحيرات صناعية تطل على النيل، وعدد من الكافيتريات، بالإضافة إلى مبنى إدارى به مركز لتدريب العاملين وآخر لإحياء الصناعات والحرف التراثية.
