أسست المنظمة العالمية لخريجى الأزهر فروعا لها فى كل من كينيا وتنزانيا ، ويجرى حالياً الإعداد لتأسيس فرع جديد في إثيوبيا ليكون هذا الفرع بمثابة إحدى القنوات الحيوية التى يمكن للأزهريين في أديس أبابا، أن يطلوا منها على وسطية الأزهر الشريف، ليكون هؤلاء الخريجين سفراء للأزهر الشريف في بلادهم، لنشر المنهج الوسطى المعتدل، ومكافحة كافة مظاهر الانقسامات الاجتماعية والدينية.
وتسعى المنظمة العالمية لخريجى الأزهر من خلال هذه الفروع في منطقة حوض النيل، إلى تقارب ثقافات تلك الشعوب، وخلق حالة من التأخي والمودة والالتفاف حول فكر الأزهر الشريف ومنهجه الوسطى لمكافحة الأفكار المتطرفة والمتشددة.
