تحمل مقالة الإمام الأكبر الدكتور أحمد الطيب، عن «تجديد الفكر الدينى» منطقًا يبدو مقبولًا فى سياق دفاعه عن بقاء الأزهر ودوره فى تجديد الفكر، لكن المقالة أثارت استفهامات كبرى حول رؤية شيخ الأزهر لقضايا أخرى لم يبين فضيلته لنا كيف ستناقشها وتتعامل معها المؤسسات الدينية وفقًا للتجديد المنتظر؟، ففى ذكره لقضية الإلحاد مثلًا أورد فضيلته تساؤلًا مخيفًا: «مَن مِن هؤلاء الملحدين أقيم عليه حد الردة أو مسه أحد بسوء؟!».. وهذا لب القضية وجوهر الخلاف، فقد بدا الدكتور أحمد الطيب كمن يخبرنا أنه يحمل سلاحًا له شرعية الإطلاق، لكن رحمة الممسك بالسلاح تمنعه من استخدامه، هذا ما نخافه يا شيخنا، ليس لأن الناس يميلون للإلحاد أو يتهافتون عليه، لكنهم يريدون فقط أن يأمنوا ألا تخضع التفسيرات والأحكام فى الشريعة السمحاء لعطف المفسر أو قدرته على العفو عند المقدرة.