يقع على عاتق شرطة المسطحات المائية العديد من المهام، لحماية نهر النيل والمجرى المائى من التلوث والمخالفات.
وأبرز مهام شرطة المسطحات المائية:
- تأمين خطوط الملاحة والرى بهدف مكافحة تلوث البيئة بنهر النيل والمناطق البحرية أو البرية التى يوكل للإدارة العامة مهمة تأمينها، وذلك بالتنسيق مع الأجهزة المعنية.
- منع وضبط الجرائم التى تقع بالمخالفة لقانون الرى والصرف والملاحة.
- ضبط مخالفات العائمات والوحدات النهرية التى تلقى بمخلفاتها بالمجارى المائية واتخاذ الإجراءات القانونية فى مواجهتها.
- تنظيم المزارع السمكية واتخاذ كافة الإجراءات القانونية بشأنها، بالتعاون مع الأقسام والفروع الجغرافية التابعة للإدارة وبالتنسيق مع مديريات الأمن الواقع فى اختصاصها المسطحات المائية.
- تنفيذ القرارات الإدارية الصادرة من الجهات الإدارية المعنية بشأن إزالة أية تعديات على كافة المسطحات المائية وشواطئها بهدف المحافظة على الثروة السمكية.
- مكافحة أساليب صيد الأسماك المخالفة والتى تتمثل فى الحرف غير القانونية التى تستخدم فى الصيد وتؤدى فى النهاية الى القضاء على زريعة الأسماك وهدم البيئة السمكية.
- التنسيق والتعاون الكامل مع أجهزه وزاره الزراعة القائمة على حمايه الرقعة الزراعية وضبط المخالفات الخاصة بالتعدى على الأراضى الزراعية سواء بالتجريف أو التوبير أو البناء أو التشوين للحفاظ على خصوبتها، وضمان جودة وزيادة المنتجات الزراعية الداعمة للاقتصاد القومى واتخاذ الإجراءات القانونية حيال المخالفين مع إيقاف الأعمال المخالفة.
- تأمين الجهات الإدارية أثناء قيامها بتنفيذ قراراتها.
