بدأ مصطفي فتحى مسيرته الكروية فى موسم 2012 / 2013 حينما انتقل إلى نادى بلقاس ومن ثم إلى نادى الزمالك، ليبدأ فصلاً جديداً فى مشواره الكروى وتدوين اسمه فى تاريخ ميت عقبة، بعدما لفت أنظار مسئولى القلعة البيضاء بمهارته الكبيرة.
فى موسم 2017 رحل مصطفى فتحى عن نادى الزمالك فى رحلة احترافية بالدورى السعودى، وبالتحديد فى فريق التعاون، قبل أن يعود مجدداً إلى بيته الأبيض فى موسم 2018 ثم يخرج معاراً هذا الموسم لفريق سموحة السكندرى.
وتوج مصطفى فتحى مع الزمالك بالدورى العام فى موسم 2014 / 2015 وأربع مرات بكأس مصر موسم 2012 / 2013 وموسم 2013 / 2014 وموسم 2014 / 2015 وموسم 2015 / 2016 ومرة بالسوبر المصرى موسم 2015 / 2016، بالإضافة إلى بطولتى السوبر المصرى والأفريقى.
ويعد مصطفى فتحى من الركائز الأساسية التي يعتمد عليها أحمد سامى المدير الفني لسموحة في المباريات، خاصة أنه يتميز بالسرعة والمهارة وأيضا يهدد مرمى المنافسين في كل مباراة، حتى أنه أحرز 8 أهداف مع سموحة منذ يناير وهى نسبة تهديفية جيدة، بالإضافة إلى صناعته 5 أهداف لزملائه .
وتمسك مصطفى فتحى بالرحيل من الزمالك على سبيل الإعارة في يناير الماضي؛ بسبب تراجع مستواه في فترة تواجده في القلعة البيضاء، والذي يعود لغيابه عن المشاركة؛ بسبب الإصابة ووجود تخمة من اللاعبين في نفس مركزه.
وكان مصطفى فتحي شارك في 148 مباراة في مسيرته مع الزمالك في مختلف البطولات الدورى وكأس مصر والسوبر المحلى ودورى أبطال أفريقيا والكونفدرالية، ونجح في تسجيل 24 هدفا، وصناعة العديد من الأهداف لزملائه خلال مسيرته مع الفريق الأبيض.