يعتبر المجلس الأعلى للجامعات مجلس حكومى مصري، ويتبعه الجامعات والأكاديميات والمعاهد العليا والمتوسطة المصرية الحكومية أو الأهلية أو الخاصة ما عدا جامعة الأزهر فتتبع مشيخة الازهر، والجامعة العمالية تتبع الاتحاد العام لنقابات عمال مصر التابع لوزارة القوى العاملة.
ونشر الموقع الرسمى لوزارة التعليم العالى النشأة التاريخية للمجلس الأعلى للجامعات.
1 - صدر المرسوم الملكى للملك فاروق الأول ملك مصر بانشاء مجلس أعلى للجامعات المصرية بعد الاطلاع على القانون رقم 42 لسنة 1927.
2 - صدر المرسوم الملكى بالقانون رقم (496) لسنة 1950 الذى ينص على إنشاء مجلس أعلى للجامعات المصرية برئاسة وزير المعارف العمومية بهدف التنسيق بين الجامعات فيما يختص بالدراسة والامتحان والدرجات الجامعية وإنشاء كراسى الأستاذية ومعادلة الشهادات الأجنبية والترقيات والأكاديمية وغير ذلك من الأمور.
3 - ثم صدر القرار الجمهورى بقانون رقم (508) لسنة 1954 بإنشاء المجلس الأعلى للجامعات يشكل من أعضاء كلهم جامعيون (مديرو الجامعات ووكلاؤها وعضو عن كل جامعة يختاره مجلسها وثلاثة من ذوى الخبرة فى شئون التعليم الجامعى).
4 - عقد المجلس الأعلى للجامعات الجلسة رقم (1) بتاريخ 2 أكتوبر 1954 وقد ضم كل من جامعات القاهرة، الإسكندرية، عين شمس، ورأس الإجتماع الأستاذ الدكتور محمد كامل مرسى مدير جامعة القاهرة.
5 - أعيد تنظيم المجلس الأعلى للجامعات بعدة قوانين متتالية هى القانون رقم 345 لسنة 1956، والذى أتبعه القرار الجمهورى رقم 184 لسنة 1958 والقوانين المنظمة المتتالية.
6 - ولدعم استقلالية الجامعات المصرية ومناقشة كافة شئونها صدر القانون رقم 49 لسنة 1972 لتنظيم الجامعات ، وقد نص فى مادته رقم (12) على أن يكون للجامعات مجلس أعلى يسمى المجلس الأعلى للجامعات مقره القاهرة يتولى تخطيط السياسة العامة للتنظيم الجامعى والبحث العلمى والتنسيق بين الجامعات فى أوجه أنشتطها المختلفة، والجامعات المصرية التى يسر عليها هذا القانون.
7 - تم تعديل نص المادة (18) من قانون تنظيم الجامعات بالقانون رقم 142 لسنة 1994 لتصبح على النحو التالى: يشكل المجلس الأعلى برئاسة السيد الأستاذ الدكتور وزير التعليم العالى وعضوية كل من :
1 - رؤساء الجامعات وفى حالة غياب رئيس الجامعة يحل محله أقدم نوابه.
2 - عقد المجلس منذ نشأته عام 1954 ما يقرب من (667) اجتماعاً حتى الأن، بحث خلالها العديد من الموضوعات والقضايا الجامعية ، كما شارك أيضاً بالرأى فى مختلف قضايا العمل الوطنى باعتباره أحد المؤسسات الفاعلة على المستوى القومى.
3 - خمسة أعضاء على الأكثر من ذوى الخبرة فى شئون التعليم الجامعى، والشئون العامة يعينون لمدة سنتين قابلة للتجديد بقرار من الوزير المختص بالتعليم العالى بعد أخذ رأى المجلس الأعلى للجامعات.
