تستند الاستراتيجية الوطنية لحقوق الإنسان على عدد من المبادئ الأساسية المنصوص عليها فى الدستور والمستقرة فى القضاء والمحاكم العليا والمتضمنة فى الاتفاقيات الدولية والإقليمية لحقوق الإنسان وهى:
-حقوق الإنسان متأصلة فى الكرامة الإنسانية، وهى عالمية، مترابطة ومتشابكة وغير قابلة للتجزئة إذ يعزز كل منها الأخر.
-الاستفادة من إطار مراجعة الجرائم الأشد خطورة التى توقع عنها عقوبة الإعدام بمراعاة الظروف المجتمعية والدراسات المتخصصة وبما يتفق مع الاتفاقات الدولية والإقليمية لحقوق الإنسان التى صدقت عليها مصر.
-عدم التمييز وكفالة حقوق الإنسان فى إطار من المساواة وتكافؤ الفرص، واحترام مبدأ المواطنة.
-سيادة القانون أساس الحكم فى الدولة واستقلال القضاء، وحصانته، وحيدته ضمانة أساسية لحماية حقوق الإنسان والحريات الأساسية، وتلتزم الدولة بتحقيق ذلك من خلال تشريعات، وسياسات، وأنظمة، واحكام قضائية فعالة.
-الديمقراطية وحقوق الإنسان مترابطان ويعزز كل منهما الأخر.
-تعزيز الحكم الرشيد، ومكافحة الفساد، وإرساء قيم النزاهة والشفافية لضمان التمتع بحقوق الإنسان والحريات الأساسية.
-الحق فى التنمية حق من حقوق الإنسان، وبموجبه يحق لكل إنسان ولجميع الشعوب المشاركة والاسهام فى تحقيق التنمية الشاملة، والتمتع بعوائد هذه التنمية.
-ضرورة وفاء كافة الأفراد فى المجتمع بواجباتهم ومسؤولياتهم تجاه احترام حقوق الأخرين وحرياتهم الأساسية.
-الحقوق والحريات اللصيقة بالإنسان لا تقبل تعطيلا ولا انتقاصا، ولا يجوز لأى قانون ينظم ممارسة الحقوق والحريات أن يقيدها بما يمس أصلها وجوهرها.
