من الثابت تاريخيا أن القديس مارمرقس الرسول جاء إلى مدينة الإسكندرية عام 61م ؛وكانت الشرارة الأولى لبدء الكرازة كما يروى لنا تاريخ الكنيسة أنه بينما كان يمشى ذات يوم على البحر مفكرا ومتأملا من أين يبدأ الكرازة فى هذه المدينة العظمى صاحبة الأكاديمية العظمى والمكتبة الكبرى ؛ تهرأ حذاءه من كثرة المشى فذهب إلى إسكافى يدعى اسمه “أنيانوس ” لكى يقوم بإصلاحه ؛وفجأة دخل المخراز فى يده فصرخ بطريقة لا شعورية من شدة الألم “يا الإله الواحد ” فانتهز القديس مرقس الرسول الفرصة وسأله هل تريد أن تعرف الإله الواحد ؛فلما أجاب بالإيجاب بدأ يشرح له قواعد الإيمان المسيحى حتى آمن واعتمد هو وأهله أجمعين ؛ وأتخذ من منزله مركز للتبشير بالديانة المسيحية.
ويذكر الموقع الرسمى للكنيسة أنه حينما أزداد عدد المؤمنين قام القديس مرقس الرسول برسامة “انيانوس” أول أسقف لمدينة الإسكندرية ؛ وبعد استشهاد القديس مرقس الرسول عام 68 م ؛دفن جسده الطاهر بكنيسة تدعى “بوكاليا” ومقرها الحالى هو الكنيسة المرقسية بمحطة الرمل ؛وأصبحت هى المقر الرسمي للآباء البطاركة ؛ أما عن الإسكندرية نفسها فيذكر عنها على باشا مبارك فى خططه “الجزء السابع ” أنها كانت قرية صغيرة للصيادين تدعى “راقودة” ولما جاء الأسكندر الأكبر إلى مصر حوالى عام 322 ق.م قام بتأسيس مدينة الإسكندرية وسماها بأسمه ؛ وجعلها مركزا للتجارة بدلا من مدينة صور ؛ وتحت كلمة (“إسكندرية Alexandrie )” يقول عتها أميلينو” فى كتاب “جغرافية مصر فى العصر القبطي” أن الأقباط تمسكوا بأسمها القديم (راكوتى Rakoti ) كما تحدث “سترابون ” عن رخائها وتجارتها ؛وانها كانت مدخلا لمصر وتجارتها. والأسم (راكوتي) مشتق من عبارات هيروغليفية معناها “التى بناها الإله رع” كما تحدثت كثير من الوثائق القبطية القديمة عنها وعن أحيائها ”.
وجاء عن الإسكندرية فى كتاب يوحنا النقيوسى “تاريخ العالم القديم” وفى الفصل التاسع والخمسون “( عندما أعتلى الاسكندر بن فليب المقدونى ؛أنشأ مدينة الإسكندرية الكبرى فى مصر وسماها بأسمه والتى كانت تسمى قبلا راكوتى فى لغة المصريين ). وخلال الاضطهاد الذى وقع على الكنيسة القبطية عقب مجمع خلقدونية عام 451 م؛ اضطر البابوات الثلاثة بطرس الرابع 34 ( 567 – 569م ) ودميانوس 35 ( 569- 605 م)و أنسطاسيوس 36 ( 605- 616 م) إلا الأقامة مؤقتا فى دير الزجاج غرب الإسكندرية حتى الفتح العربى لمصر عام 641 م ؛ وأستمر الآباء البطاركة مقيمون بمدينة الإسكندرية حتى عهد البابا شنودة الثانى البطريرك 65 ؛ ثم بدأت بعدها المحطة الثانية من رحلة الكرسى المرقسى.
