وفى السياق تنفذ السكة الحديد مشروع إعادة هيكلة، والذى يهدف إلى مساعدة الحكومة على تحسين فعالية وكفاءة خدمات السكة الحديد وضمان سلامتها من خلال قيام الهيئة بالاستثمار في تحديث نظم إشارات وتجديد خطوط السكك الحديدية، وتحديث ممارسات الإدارة والتشغيل لديها من أجل زيادة استجابة قطاع السكك الحديدية لتلبية الاحتياجات الاقتصادية والاجتماعية، وتعزيز السلامة المالية للجهة المنفذة للمشروع، ومن بين محاور الهيكلة، تحديث نظم الإشارات ويمول هذا المكون تحديث نظم الإشارات على طول خط عرب الرمل - الإسكندرية مع نظام مراقبة حركة آلي باستخدام الكمبيوتر لهذا الجزء، وخط القاهرة - بنها، والإشراف على هذه الاستثمارات.
كما يتم تجديد خطوط السكك الحديدية ويمول هذا المكون أعمال تجديد خطوط السكك الحديدية ذات الأولوية بطول 200 كيلومتر في خط القاهرة - أسوان ( 149 كيلومترا على أربعة أقسام من الخط)، وخط بنها - بورسعيد، والإشراف على هذه الأعمال، كذلك تحديث ممارسات الإدارة والتشغيل ويتم توجيه الأنشطة التي تتم في إطار هذا المكون التي تقوم بتمويلها الهيئة القومية لسكك حديد مصر نحو وضع وترسيخ التغييرات في الممارسات الإدارية وممارسات الموظفين بما يعكس إعادة الهيكلة التشغيلية والمالية للهيئة.
