مع بداية الحكم الفاطمى على مصر تم تأسيس مدينة القاهرة عام 969 م وتم نقل النشاط التجارى إلى العاصمة الجديدة مما جعل البابا خريستوذولوس البطريرك 66 ( 1046- 1077 ) يأمر بنقل الكرسى البابوى إلى كنيسة السيدة العذراء الشهيرة بالمعلقة بمصر القديمة؛ وكتب المؤرخ الإنجليزى الشهير الفريد بتلر ( 1850- 1936 ) عن كنيسة المعلقة فقال عنها "إنها من أقدم الكنائس الباقية فى مصر، حيث تنتمى الكنيسة الصغرى إلى القرن الثالث أو الرابع الميلادى، بينما ترجع الكنيسة الكبري الي القرن السادس الميلادى.
وقال القمص يعقوب سليمان خادم كنيسة السيدة العذراء والشهيدة دميانة المعلقة في تصريحات خاصة لليوم السابع أنها سميت بهذا الإسم لأنها بنيت على حصن بابليون وملحقاته وهو عبارة عن اسطوانتين على شكل حرق u والملحقات وضعت فوق نخل على هذه المباني وتم عمل الكنيسة بها لذلك سميت بالمعلقة.
وتابع أنه يوجد تحت الكنيسة عمق 13 متر إلى عمق أرضية الحصن فمنها جاء لقب الكنيسة المعلقة وتأخذ الكنيسة النظام البازيليكى وهو على شكل فلك نوح والذى كان وسيلة لخلاص نوح وأولاده من الشرور والطوفان في العالم، هكذا الكنيسة حتى الأجانب الذين يأتون إلى مصر عندما يدخلون للكنيسة يشعروا بعبق التاريخ ففيها بركات لمئات السنوات وبنى الحصن قبل الميلاد بحوالي 150 عام وتحول المكان إلى كنيسة في القرن الرابع ومستخدمه من ذلك الحين إلى الأبد.
