يعتبر المَجْمع المقدس الهيئة العليا داخل الكنيسة القبطية الأرثوذكسية، ويترأسه قداسة البابا تواضروس الثانى بابا الإسكندرية وبطريرك الكرازة المرقسية، ويناقش الأوضاع التشريعية والكهنوتية واللاهوتية.
ومن أبرز لجان المجمع المقدس لجنة العلاقات المسكونية، حيث تهتم بالإشراف على علاقة الكنيسة الأرثوذكسية بالكنائس المسيحية الأخرى والاتصال بالهيئات المسكونية مع تنظيم إدارات الحوار مع الكنائس.
جدير بالذكر أن المجمع المقدس يوجد به 12 لجنة رئيسية وهى: لجنة السكرتارية واللجنة الدائمة ولجنة الرعاية والخدمة ولجنة شئون الإيبارشيات ولجنة شئون الرهبنة والأديرة ولجنة الأسرة بالإضافة إلى لجنة الإيمان والتعليم ولجنة الطقوس ولجنة العلاقات العامة ولجنة الإعلام والمعلومات ولجنة المسكونية ولجنة شئون المهجر.
