مع بداية الحكم الفاطمى على مصر تم تأسيس مدينة القاهرة عام 969 م، وتم نقل النشاط التجارى إلى العاصمة الجديدة مما دفع البابا خريستوذولوس البطريرك 66 ( 1046- 1077 ) لنقل الكرسى البابوى إلى كنيسة السيدة العذراء مريم الشهيرة بالمعلقة بمصر القديمة، وكتب المؤرخ الإنجليزى الشهير الفريد بتلر ( 1850- 1936 ) عن الكنيسة المعلقة فقال عنها "إنها من أقدم الكنائس الباقية فى مصر، حيث تنتمى الكنيسة الصغرى إلى القرن الثالث أو الرابع الميلادى، بينما ترجع الكنيسة الكبرى إلى القرن السادس الميلادى.
ولعل سبب تسميتها بالمعلقة يرجع إلى كونها مبنية على أنقاض اثنين من البروزات فى الحصن الرومانى؛ وهى مبنية على الطراز البازيليكى الذى يتميز بوجود ثلاثة مذابح؛ وأستمرت الكنيسة المعلقة المقر الرسمى للكرسى البابوى حتى عهد البابا يؤانس الثامن البطريرك 80 (1300- 1320) باستثناء فترات قصيرة كان بعض البابوات يلجأون إلى كنيسة أبى سيفين بمصر القديمة ويتخذونها كاستراحة بديلة.
وأوضح القمص يعقوب سليمان، منذ أن جاء الحكم العربى الذى كان مقره فى الفسطاط كان الأباء البطاركة يأتون من الإسكندرية ليقيموا فى الكنيسة المعلقة بطريقة غير رسمية حتى يكونوا بالقرب من الحكم المدنى، لكن انتقل الأباء إليها بطريقة رسمية منذ عهد البابا 66 إلى البابا يوحنا رقم 80 فظلت مقر باباوى ما يقرب من 7 قرون جزء بطريقة غير رسمية وجزء بطريقة رسمية فهى تعتبر أكبر مقر من عدد السنوات، وعدد البطاركة الذين جلسوا فيها حوالى 16 بطريرك، ثم انتقلت إلى حارة زويلة ثم الأزبكية ثم حاليا فى العباسية.
