رحلة الشيخ أحمد الباقورى من الإخوان إلى مقاعد السلطة بعد ثورة يوليو، هى أول حالة انتقال من الجماعة إلى الثورة فى ظل حالة الخصومة غير المعلنة بين الطرفين عقب التغيير الهائل الذى حدث فى يوليو 1952.
كان الشيخ الباقورى عضوا بمكتب إرشاد الإخوان، بل كان أحد المرشحين لتولى منصب المرشد العام للجماعة خلفا لحسن البنا مؤسس الجماعة.
عقب ثورة 23 يوليو 1952، طلب جمال عبد الناصر من مكتب الإرشاد ترشيح 3 من أعضاء الجماعة لتولى مناصب وزارية فى أول حكومة بعد الثورة، وبالفعل رشحت الجماعة مجموعة من الأعضاء، لكن عبد الناصر كان يريد أسماء ذات شهرة بين عموم الشعب المصرى، فعرض على الباقورى تولى وزارة الأوقاف ووافق.
تشير المصادر الإخوانية وكذلك مذكرات الباقورى نفسه أن حسن الهضيبي المرشد العام للإخوان غضب بشدة من مخالفة الباقورى قرار الجماعة بالإمتناع عن المشاركة فى الوزارة، واستدعى الباقورى وأجبره على تقديم استقالة من جميع مناصبه بالجماعة، ومن عضوية الجماعة ذاتها.
واقعة الإجبار على الاستقالة رواها عبد الحليم محمود المؤرخ الرسمى لتاريخ الإخوان فى كتابه "الإخوان المسلمين أحداث صنعت تاريخ"، حيث قال: "جلس المرشد في صالون منزله حزينًا لخروج الباقورى على إجماع مكتب الإرشاد، وقرب منتصف الليل وصل الشيخ الباقورى إلى منزل المرشد وصافحه وقبل يده، وقال: أنا تصرفت .. أتحمل نتيجة تصرفي، وأنا مستعد أن أستقيل من مكتب الإرشاد"، ورد الهضيبي: "لسه؟"، وقال الباقوري: "ومن الهيئة التأسيسية"، ورد الهضيبي: "لسه"، وقال الباقوري: "ومن جماعة الإخوان المسلمين"، ورد الهضيبي: "هكذا يجب"، وطلب الشيخ الباقوري ورقة وكتب استقالته من جماعة الإخوان.
ولا تختلف رواية الباقورى نفسه فى مذكراته لنفس الواقعة، حيث يقول: "صعدتُ إلى حسن الهضيبي، ودققتُ البابَ، وفتحوا لى، وإذا بالإخوان قد عرفوا بتعيينى وزيراً، وكانوا قد أرسلوا وفداً للاشتراك فى الوزارة، ولم أكن من هذا الوفد وكاد الإخوان يضربوننى، عندما أخبرتهم بذلك، وقال الهضيبي: أكتب لنا ورقة، تستقيل فيها من الإخوان المسلمين، حتى لا تحمل أوزارنا، ولا نحمل أوزارك!، قلت: ماذا أكتب؟ قال: اكتب الذي تكتبه! فكتبتُ هكذا: "السيد المستشار/ حسن الهضيبى- المرشد العام للإخوان المسلمين.. سلامٌ عليكم ورحمة الله وبركاته، فإنني أرجو أن تقبل استقالتى من مكتب الإرشاد.. فقاطعني، قائلاً: لا، ليس هذا فحسب، قلتُ: وماذا تريد إذن؟، قال: أضف إلي الاستقالة هذه الجملة: من جميع تشكيلات الإخوان المسلمين، فى الشُّعَب، والأقاليم، قلت: حاضر، وأضفتُ هذه الجملة: ومن جميع مؤسسات الإخوان المسلمين، فى مختلف الشُّعَب، وسائر المؤسسات، التى فيها مراكز للإخوان، والسلام عليكم ورحمة الله وبركاته".
فى نفس اليوم أجرى الهضيبي اتصالا بجميع الصحف لإبلاغها بأن الباقورى لم يعد عضوا بجماعة الإخوان بمجرد قبوله للمنصب الوزارى، وبمرور الوقت تحول الباقورى إلى عدو لجماعة الإخوان لاسيما أنه كان أحد الحاضرين فى حادث المنشية.
