يعد المجمع المقدس بالكنيسة القبطية الأرثوذكسية، هو السلطة الأعلى ومصدر التشريع والقوانين داخل الكنيسة، وقد تم وضع اللائحة الأساسية له واعتمادها في 2 يونيو عام 1985 أي منذ قرابة 36 عاما، ويوجد بالمجمع 12 لجنة رئيسية.
ويضم الهيكل التنظيمي العام للمجمع المقدس، البابا البطريرك، و12 لجنة أخرين وهم اللجنة الدائمة للمجمع المقدس ولجنة السكرتارية والتي تنبثق منها اللجنة الفنية المعاونة ويتضمن أيضا لجنة الإيمان والتعليم ولجنة الرعاية والخدمة ولجنة الإيبارشيات ولجنة الطقوس ولجنة الإعلام والمعلومات ولجنة الرهبنة والأجيرة ولجنة العلاقات المسكونية ولجنة الأسرة المسيحية ولجنة علاقات عامة ولجنة شئون المهجر.
ويعتبر المجمع المقدس هو السلطة العليا التشريعية فى الكنيسة، وله أن يسن قوانين للكنيسة بما يتفق مع الاحتياجات الجديدة للكنيسة، وأن يصدر لوائح داخلية خاصة بسيامات كل درجة من درجات الكهنوت، وأيضاً بالأعمال الكنسية المتنوعة حينما تقتضى الضرورة، وله أن يخفف عقوبات كنسية، وأن يضع لائحة للمحاكمات والعقوبات .
وتضم الكنيسة القبطية الأرثوذكسية حاليا حتى شهر فبراير 2021، 128 أسقفا عاما وأساقفة إيبارشيات ومطارنة، وقد استلم البابا تواضروس الثانى الكنيسة خلفا للراحل البابا شنودة الثالث وبها 82 أسقفا فقط، ليقرر إعادة ترتيب البيت الكنسى والدولاب الإدراى وتقسيم الإيبارشيات لسهولة الخدمة فزاد فى عهده عدد الأساقفة وقام برسامة "سيامة" 46 أسقفا جديدا وجّلس 19 آخرين على الإيبارشيات المختلفة خاصة ما تم إنشاءه حديثا، وهذا العام 2021 وخلال شهر مارس سيقوم برسامة 7 أساقفة وتجليس اثنين آخرين، وبذلك يرتفع أعداد الأساقفة الذين رسمهم البابا إلى 53 أسقفا، وعدد المجلسين 21 أسقفا، ويرتفع أعداد أعضاء المجمع المقدس إلى 135 أسقفا.
