يقع المسجد الفاطمى فى دير القديسة كاترين حيث بني عام 500 هـ / 1106 م في عهد الخليفة الفاطمي الآمر بأحكام الله، وجاء بنائة داخل الدير ثمرة العلاقة الطيبة بين المسلمين والمسيحيين التى شهدت ذروتها فى الخلافة الفاطمية، كما عمل الخلفاء الفاطميين أثناء فترة حكمهم على بناء المساجد في الأماكن المقدسة.
حيث أصبح المسجد الفاطمي في دير سانت كاترين محطة للحجاج في طريقهم إلى مكة وتركوا كتابات تذكارية عديدة ما زالت على محراب الجامع إلى الآن.
المسجد كما ذكرت وزارة السياحة والآثار، يقع في الجزء الشمالي الغربي داخل الدير ويواجه الكنيسة الرئيسية، حيث تتعانق مئذنته مع برج الكنيسة وتخطيطه مستطيل ينقسم لستة أجزاء بواسطة عقود نصف دائرية من الحجر الجرانيتى المنحوت ثلاثة عقود موازية لجدار القبلة وأربعة متعامدة عليه وله ثلاثة محاريب الرئيسي متوج بعقد ذو أربعة مراكز كالموجود فى الجزء القديم من الجامع الأزهر وله منبر خشبي آية في الجمال يعد أحد ثلاثة منابر خشبية كاملة من العصر الفاطمي، وللجامع مئذنة جميلة، تتكون من دورتين قطاعهما مربع في منظر لا يتكرر إلا في مصر هذا التعانق والوحدة التي تجمع الأديان في بوتقة واحدة.
قامت الدولة الفاطمية القوية فى تونس وحاولت فتح مصر منذ 913 م ، ولما ضعفت الدولة الإخشيدية خاصة بعد أن أوشكت على الانهيار عقب وفاة كافور استطاع القائد جوهر الصقلى وزير الخليفة المعز لدين الله الفاطمى أن يفتح الإسكندرية عام 969م ، وأعلن سيادة الخلافة الفاطمية على البلاد والتى استمرت فى مصر نحو قرنين من الزمان (969 : 1171 م ).
وانتقلت الخلافة الفاطمية من تونس إلى مصر عندما جاء إليها الخليفة المعز لدين الله الفاطمى سنة 972 أى بعد أربع سنوات من الفتح الفاطمى لمصر عمل خلالها القائد جوهر الصقلى على تنفيذ الخطة الفاطمية التى من أجلها فتحت مصر وهى توسيع الدولة ناحية الشرق.
كانت الدولة الفاطمية بمثابة العصر الذهبى لمصر التى تم فيها اكتمال الفن الإسلامى، حيث ترك الفنانون المصريون وراءهم العديد من الآثار والتحف التى تشهد على مهارتهم الفائقة ودقتها فى مختلف الأشكال الفنية. وخلال تلك السنوات الأربع اختار جوهر عاصمة جديدة لمصر هى القاهرة وبنى فيها قصراً للخليفة.
وأسست مدينة القاهرة لتكون حصنا ملكيا للخليفة وأتباعه، لذلك عمد جوهر الصقلى إلى تحصين المدينة بسور سميك، واعتبرها معقلا يتحصن به الخليفة وأتباعه، واحتفر الخندق من الجهة الشمالية ليمنع اقتحام المدينة من هذا الجانب، وبذلك استطاع جوهر أن يحصن المدينة وفى نفس الوقت يعوق عامة الشعب فى الفسطاط والعسكر والقطائع (عواصم مصر الإسلامية الأولى) من الوصول للقصور الملكية، حيث كان لا يسمح لأى فرد باجتياز السور إلا إذا كان من جند الحامية الفاطمية أو من كبار الموظفين فى الدولة، وكان الدخول إلى القاهرة يتم عن طريق تصريح خاص.
