وضع قانون حماية وتنمية البحيرات والثروة السمكية الصادر برقم 146 لسنة 2021، أن جهاز تنمية البحيرات السمكية منوط بوضع الخطط المتعلقة بمشروعات الثروة السمكية والتصنيع السمكى ووضع التصميمات الخاصة بها، وتنفيذ ما تطلبه المحافظات أو الجهات ذات الصلة من هذه المشروعات إما بالذات أو عن طريق جهات أخرى.
ووفقا للقانون تكون للجهاز موازنة مستقلة تعد على نمط موازنات الهيئات العامة الاقتصادية وتشتمل على جميع إيراداته ومصروفاته دون استثناء، وتبدأ السنة المالية للجهاز مع السنة المالية للدولة وتنتهى بنهايتها، ويفتح له حساب بالبنك المركزى المصرى ضمن حساب الخزانة الموحد، ويتم ترحيل الفائض من عام إلى آخر.