مع بداية الحكم الفاطمى على مصر تم تأسيس مدينة القاهرة عام 969 م، وتم نقل النشاط التجارى إلى العاصمة الجديدة مما دفع البابا خريستوذولوس البطريرك 66 ( 1046- 1077 ) لنقل الكرسى البابوى إلى كنيسة السيدة العذراء الشهيرة بالمعلقة بمصر القديمة؛ وكتب المؤرخ الإنجليزى الشهير الفريد بتلر ( 1850- 1936 ) عن كنيسة المعلقة فقال عنها "إنها من أقدم الكنائس الباقية فى مصر، حيث تنتمى الكنيسة الصغرى إلى القرن الثالث أو الرابع الميلادى.
وترجع الكنيسة الكبرى إلى القرن السادس الميلادي؛ ولعل سبب تسميتها بالمعلقة يرجع إلى كونها مبنية علي أنقاض اثنين من البروزات في الحصن الرومانى؛ وهي مبنية علي الطراز البازيليكي الذي يتميز بوجود 3 مذابح؛ وأستمرت الكنيسة المعلقة المقر الرسمي للكرسي البابوي حتى عهد البابا يؤانس الثامن البطريرك 80 (1300- 1320) باستثناء فترات قصيرة كان بعض البابوات يلجأون إلى كنيسة أبي سيفين بمصر القديمة ويتخذونها كأستراحة بديلة.
وأوضح القمص يعقوب سليمان كاهن الكنيسة في تصريحات خاصة لليوم السابع أنه بعد الزلزال الذى حدث عام 1992 جاءت لجنة من أساتذة الثلاث كليات الآثار والعلوم والهندسة لأن الزلزال أثر في الكنيسة، وكان لابد من إعادة الترميم الذى تم في عام 1998 حيث رممت حوالى 3 أو 4 مرات في التاريخ وكان آخرها عام 1998 بعد الزلزال وتم عمل مصعد بها لكبار السن والمعاقين.
