تحت باب "فى استئناف أوامر قاضى التحقيق" ، حدد قانون الإجراءات الجنائية حالات الاستئناف على قرارات قاضى التحقيق، حيث نصت المادة 161 على أنه للنيابة العامة أن تستأنف ولو لمصلحة المتهم جميع الأوامر التى يصدرها قاضى التحقيق سواء من تلقاء نفسه، أو بناء على طلب الخصوم.
وأيضا للمدعى بالحقوق المدنية استئناف الأوامر الصادرة من قاضى التحقيق بأن لا وجه لإقامة الدعوى، إلا إذا كان الأمر صادراً فى تهمة موجهة ضد موظف، أو مستخدم عام أو أحد رجال الضبط لجريمة وقعت منه أثناء تأدية وظيفته أو بسببها، ما لم تكن من الجرائم المشار إليها فى المادة 123 من قانون العقوبات.
كما نصت المادة 163،على أنه لجميع الخصوم أن يستأنفوا الأوامر المتعلقة بمسائل الاختصاص، ولا يوقف الاستئناف سير التحقيق، ولا يترتب على القضاء بعدم الاختصاص بطلان إجراءات التحقيق.
وأيضا للنيابة العامة وحدها استئناف الأمر الصادر بالإحالة إلى المحكمة الجزئية، باعتبار الواقعة جنحة، أو مخالفة طبقاً للمادتين 155 و156، ولها وحدها كذلك أن تستأنف الأمر الصادر فى جناية بالإفراج المؤقت عن المتهم المحبوس احتياطياً، وللمتهم أن يستأنف الأمر الصادر بحبسه احتياطياً أو بمد هذا الحبس.
كما حددت المادة 166 أن يكون ميعاد الاستئناف عشرة أيام من تاريخ صدور الأمر، بالنسبة إلى النيابة العامة، ومن تاريخ إعلانه بالنسبة إلى باقى الخصوم، عدا الحالات المنصوص عليها فى الفقرة الثانية من المادة (164) من هذا القانون، فيكون ميعاد استئناف النيابة لأمر الإفراج المؤقت أربعاً وعشرين ساعة، ويجب الفصل فى الاستئناف خلال ثمانية وأربعين ساعة من تاريخ رفعه، ويكون استئناف المتهم فى أى وقت، فإذا صدر قرار برفض استئنافه، جاز له أن يتقدم باستئناف جديد، كلما انقضت مدة ثلاثين يوماً من تاريخ صدور قرار الرفض.